Walaupun tidak dikaji pada manusia, boleh diandaikan bahawa interaksi adalah serupa dengan gansiklovir, kerana valgansiklovir ditukar kepada gansiklovir dalam badan.[2] Zidovudina boleh mengurangkan kepekatan gansiklovir, dan bersama-sama ubat boleh menyebabkan anemia dan neutropenia.[2] Probenesid boleh meningkatkan kepekatan gansiklovir, yang boleh meningkatkan kemungkinan ketoksikan gansiklovir.[2] Orang yang mengalami masalah buah pinggang boleh mengalami peningkatan dalam kedua-dua kepekatan mikofenolat mofetil dan gansiklovir apabila kedua-dua ubat diambil bersama.[2] Gansiklovir juga boleh meningkatkan kepekatan didanosina.[2]